犬夜叉剧场版超越时空的思念全集动画故事讲述了在很久以前(大约在犬夜叉被封印之前的200年前)，中国大陆妖怪(忽必烈汗)的飞妖蛾率领妖怪军团攻打日本，当时由支配西国妖怪的犬夜叉的父亲迎战，经过一伦激战，犬夜叉父亲成功击退了他们，同时用自己的牙将飞妖蛾他们封印；但是当戈薇回到过去将犬夜叉之封印解除及不小心用箭将“四魂之玉”弄碎并且碎片分散至四方，其中有一块碎片飞至飞妖蛾的妖怪被封印的地方，令飞妖蛾儿子玛瑙丸苏醒并继承父亲的妖力，于是他便找犬夜叉报仇。目的不是夺取“四魂之玉”，而是要狙击持有铁碎牙的犬夜叉(相信是玛瑙丸为报复犬夜叉父亲用他的牙封印飞妖蛾一事)。当犬夜叉及戈薇等人像平时在寻找“四魂之玉”碎片的旅途中时，途中受到袭击，经常陪伴珊瑚的云母被玻璃控制；为救珊瑚而使出风穴的弥勒，竟然被琉璃复制“风穴”的能力，珊瑚和弥勒还差点被琉璃的风穴吸进去，幸好枫婆婆及时出现并要箭赶走她们……另外玛瑙丸却亲自找犬夜叉挑战，而且玛瑙丸手持的剑居然能令铁碎牙回复原状，犬夜叉经过几次打斗后竟然不敌被打倒，而玛瑙丸正想拾起铁碎牙时，却被它的结界所伤，于是便带走戈薇……戈薇被带至他们的巢穴，她更被玻璃用头上的玉与四魂之玉结合成一块红玉放在她的额头上。戈薇清醒后初时没有什么问题，直至犬夜叉救了她后，与及玛瑙丸取得新的力量后，戈薇整个身体被玛瑙丸控制，没有知觉的她竟然出手攻击犬夜叉与及用箭射他(重复桔梗用箭射犬夜叉封印在御神木上的历史！)后来戈薇回复知觉时才知道自己所做的一切，此时桔梗突然出现并责备戈薇，更将她推落食骨井令她永远不要见犬夜叉！到底犬夜叉会否真的被封印？戈薇能否回到古代？珊瑚与弥勒怎样去应付琉璃与玻璃呢？苏醒了犬夜叉能否打败新力量的玛瑙丸呢？ …