故事发生在为了保护保护银河铁路而与アルフォート星团帝国激战后1年，新的威胁又向银河铁路迫近旧版。银河铁路的轨道上出现了原因不明的幻想空间，绝对不可能存在的街道、植被甚至还出现了美丽的大海……。连续的突发事件让银河铁路管理局陷入了前所未有的的恐慌。正在这时他们收到了从现在银河铁路已经不再停靠的的ヒーライズ星（别名：被遗忘时间的惑星）发来的微弱的求救信号。那是来自VIP银河超级特快999号的SOS求救信号。管理局立刻派出了守护银河铁路空间安全的铁路警备队，俗称SDF(SPACEDEFENSEFORCE)的精锐天狼星小队前去营救。为了继承已故父亲和哥哥的遗志而加入SDF的主人公有纪学，为了解决这一系列的幻觉事件，向这一颗神秘惑星出发了。另一方面，向事故现场进... …